היכל הספר הינו אגף הנמצא במוזיאון ישראל המשמש כמקום משכן עבור כמה תגליות ארכיאולוגיות חשובות: המבנה עוצב בהשראת מכסי הכדים ממדבר יהודה שבהם נמצאו המגילות המפורסמות שאותן הוא מאכלס, והוא ניצב בסמוך לקיר שחור המסמל את הניגוד בין בני האור לבני החושך בדתם הכיתית של האיסיים.
בקומה התחתונה של המבנה מוצג כתר ארם צובא, שהוא ספר תנ"ך מן המאה התשיעית שעליו סמך הרמב"ם את ידו כתנ"ך המדוייק ביותר בעולם. ממערב להיכל הספר נמצא הדגם של ירושלים בימי הבית השני הכולל את בית המקדש בשיא תפארתו ופארו כפי שהוקם על ידי המלך הורדוס.
מגילות מדבר יהודה:
כתבי יד קדומים המתוארכים למאה ה-1-2 לספירה. את המגילות הראשונות גילה רועה צאן באזור עין פשחא ומכר אותם לסוחרי עתיקות. הארכאולוג אליעזר סוקניק הצליח לקנות 3 מהמגילות הנ"ל. כאשר יגאל ידין, בנו של סוקניק, נסע לאה"ב ב-1954 הוא נתקל במודעה קטנה בעיתון על מכירת 4 מגילות נוספות. את המגילות הצליח לרכוש בעזרת נדבן יהודי. לכבוד שבעת המגילות שנמצאו הוקם מבנה היכל הספר.
בעקבות גילוי המגילות בשנת 1947 נחשפו עוד מערות באזור עם מאות, ואף אלפי מגילות מאותה תקופה. במלחמת העצמאות עבר השטח לירדן והממצאים הועברו למוזיאון רוקפלור. רק ב-1967 בעקבות מלחמת ששת הימים עבר המוזיאון לשטח ישראל.
המגילות הינם אחד הממצאים החשובים שנתגלו. כתבי היד שנמצאו כוללים את כל ספרי המקרא, למעט מגילת אסתר. בנוסף, הם כוללים כתבי יד של "כת מדברי יהודה" וניתן ללמוד רבות על אורח החיים שלהם. יש המזהים אותם עם כת האיסיים עליהם שומעים מכתבי יוסף בן מתיתיהו.
מרבית המגילות אינן מוצגות במוזיאון על מנת לשמר אותן. כל 3-6 חודשים מוצג קטע ממגילה מסוימת ואז היא מוחזרת לשימור וקטע אחר מוצג.
כתר ארם צובא:
כתב יד חשוב של התנ"ך אשר נכתב במאה ה-10 לספירה בטבריה ע"פ המסורה הטבריינית. הספר החל לנדוד ממקום למקום: יהודי קראי קנה אותו והעבירו לירושלים. בסוף המאה ה-11 הוא נשדד ע"י השלטון המוסלמי והועבר למצרים, שם נפדה ע"י הקהילה המקומית. הרמב"ם אף ראה את הספר והעיד על מהימנותו. לא ברור מאיזה סיבה, הספר הועבר במאה ה-14 לסוריה, שם כונה "כתר ארם צובא" ע"ש הקהילה.
עם הקמת המדינה התחוללו פרעות נגד היהודים בחלב. הבית כנסת בו היה הכתר נשרף והכתר נעלם. בדרך לא ברורה הכתר ניצל. יצחק בן צבי הצליח בדרך סודית להעביר את הכתר לירושלים. לא כל הכתר שרד. דפים רבים נעלמו והגיעו לידיים שונות. ישנם הרבה מחלוקות ומסתורין סביב הגעתו של הספר לארץ וסביב הדפים החסרים.
מבנה ההיכל הוקם בשנת 1965 ועוצב בצורה מעניינת ובולטת: קיר שחור וגדול לצד מבנה בצורה של כיפה לבנה המסמל את מכסה הכדים שבתוכם נמצאו כמה מן המגילות. הניגודיות בין הלבן לשחור מסמלים את בני האור ובני החושך המוזכרים במגילות של כת מדבר יהודה.
